Ubuntuのproxyの設定はシンプルなUIでできるので問題ないが、社内から社内のローカルネットワークのサーバへアクセスするときなどにはproxyの除外設定をする必要があります。Ubuntuでは、普通のシステムの設定からproxyの除外設定にアクセスできないため、dconf Editorというものを入れる必要がある。
$ sudo apt-get install dconf-tools
dconf Editorというのを探して起動したら system > proxyと開くと"ignore-hosts"という項目があります。ここに、
['localhost', '127.0.0.0/8']
とある部分に追加で
['localhost', '127.0.0.0/8', '*.company.com']
などと入れることで除外ホストに設定することができます。